O Instituto Butantan é o principal produtor de imunobiológicos do Brasil, responsável por grande porcentagem da produção de soros hiperimunes e grande volume da produção nacional de antígenos vacinais, que compõem as vacinas utilizadas no PNI (Programa Nacional de Imunizações) do Ministério da Saúde. As atividades de desenvolvimento tecnológico na produção de insumos para a saúde estão associadas, basicamente, à produção de vacinas, soros e biofármacos para uso humano.
Mantém coleções científicas zoológicas e desenvolve atividades educacionais e culturais por meio de quatro museus: Museu Biológico, Museu Histórico, Museu de Microbiologia e o Museu de Saúde Pública Emílio Ribas. Desenvolve projetos de pesquisas básica e aplicada, tais como estudos sobre animais peçonhentos, agentes patogênicos, inovação e modernização dos processos de produção e controle de imunobiológicos, além de estudos clínicos, terapêuticos e epidemiológicos relacionados a acidentes causados por animais peçonhentos.